תנאי מזג האוויר הגרועים שוב בדקו אנשים ומכונות ביום הרביעי של הדקאר 2016 (שלב שלישי). סבסטיאן לואב נשאר בראש.
בשלב השלישי הזה, סבסטיאן לוב זכה שוב, במסלול שבין טרמס דה ריו הונדו לבירת המחוז סן סלבדור דה ג'וג'וי, שמרחקה התקצר מ-314 ל-190 ק"מ בגלל תנאי מזג אוויר גרועים. המתיחות הצמודות יותר נתנו יתרון לרוכבים המיומנים ביותר ולואב הוא שהצליח לנצל את התנאים הללו בצורה הטובה ביותר.נהג פיג'ו הצרפתי ניצל את המומנטום של אתמול ועלה ליתרון כבר מהפתיחה, כמעט דקה לפני CP1. בסופו של דבר הוא סיים עם זמן של שעתיים, 9 דקות ו-39 שניות ובכך נשאר במקום הראשון בדירוג הכללי.
אסור לפספס: 15 עובדות ומספרים על הדקאר 2016
למקום השני הגיע חברו לקבוצה קרלוס סיינץ, דקה אחת ו-23 שניות מאוחר יותר, ואחריו מקרוב זוכה דקאר ב-2015, נאסר אל עטייה (מיני), שסיים עם דקה ו-25 שניות של לואב. על אופנועים, פאולו גונסאלבס היה הפורטוגלי הטוב ביותר כשהגיע למקום ה-3, 52 שניות אחרי ג'ואן ברדה הספרדית, מנצחת השלב.